Карл Вайгерт е роден на 19 март 1845 г. в Мюнстерберг в Силезия, като син на собственик на хотел. От 1862 година учи медицина в университетите в Бреслау и Берлин. Между 1868 и 1870 година той работи като асистент на Вилхелм Валдейер в катедрата по патологична анатомия в Бреслау. По време на френско-германската война, Вайгерт работи като военен лекар, но не харесва клиничната практика и по-скоро иска да прави изследвания с микроскоп. През 1874 година, Вайгерт става асистент на Юлиус Конхайм, един от основателите на немската патология. След преждевременната смърт на Конхайм през 1884 година, Вайгерт се надява да стане негов наследник, но кандидатурата му е отхвърлена, може би заради еврейския му произход. Дълбоко разочарован, Вайгерт започва да работи като патолог и като прокурор на болници във Франкфурт, където остава до края на живота си.
Един от съществените приноси на Вайгерт за науката е подробното патологично описание на миастения гравис, като той пръв отбелязва връзката на заболяването с хипертрофията на тимуса.
